童年时期的一个盛夏，女孩子面码（茅野爱衣 配音）死于意外。这件突如其来的死亡事件，深深刺痛了她的五个儿时玩伴——仁太、安鸣、雪集、鹤见子以及波波。六人组成的秘密基地“超和平Busters”就此解散，活着的五人带着无法弥补的创伤各自疏远各自长大。十年后，面码居然以一种只有仁太能看见的形式，带着一个想要实现的愿望回来了。 本剧场版从面码已经在五个伙伴的帮助下“成佛”讲起，在面码完成心愿消失一年后，仁太他们五人重聚，各自给面码写信，回忆去年夏天发生在“超和平Busters”六人身上的奇迹。
西北边境司机李军被迫卷入毒枭阴谋，后成为警方线人，缉毒警唐旭东拼死追凶，毒枭张虎荒漠制毒、正邪较量在血色中迎来对决。
在德国某地一场惊心动魄的追车较量中，一辆宝马车车毁人伤，车主被送往医院急救。醒来后的他因为头脑遭受撞击，已失去记忆，焦虑中只能住院等待康复。偶然中他发现自己被注射的竟然是大剂量的镇静剂，察觉身处巨大的危险之中。在一个神秘女子的帮助下，他逃离处处设防的医院，踏上寻找“我是谁”的旅途。身份未名的职业杀手接连追杀而至，生死攸关里，他发现自己有着超乎常人的身手，这使他更加困惑。重重杀机里，零碎的记忆开始一点点浮现，依托这些线索他找到了曾容身的旅馆。在旅馆的保险柜中，他发现一本护照，上面有他的照片和名字：克拉玛，来自意大利罗马。恍然间，他忆起车祸时自己正在追杀一个人，而这一切，都与一个神秘组织有关……
隐藏在每天交替时刻的狭缝中的时间，“影时间”。每当影时间来临，世界便停止运转，人们化为静立的棺木。之后，异形的怪物“Shadow”便现身破坏。能够与之对抗的，只有能够使用“Persona”这种特殊能力的人类。转学到私立月光馆学园的少年结城理觉醒了Persona的力量，之后被前辈桐条美鹤邀请加入“特別课外活动部”。在那里聚集的，都是同样拥有力量的Persona使用者。他们为了各自的目的追寻着影时间的真相，并与难以想像的命运展开了对峙ーー。剧场版第二章“Midsummer Knight's Dream”登场。真相，并与难以想像的命运展开了对峙ーー。剧场版第二章“Midsummer Knight's Dream”登场。
《女神异闻录 3》的动画电影版本，于 2006 年 7 月作为 PlayStation 2 游戏软件发布并广受欢迎。 “影子”是在两天之间存在的“影子时间”中出现的奇怪怪物。能与他们抗衡的，只有那些拥有被称为“Persona”的特殊能力的人。转学到私立月光馆学园的结城修，觉醒了女神异闻录的力量，并被卷入了由女神异闻录使用者组成的特殊课外活动俱乐部。然而，当俱乐部成员出于各自的原因追求影子时间的真相时，他们最终面临着难以想象的命运。
