应该是从遥远的宇宙彼方K隆星来侵略地球的KERORO小队，在剧场版中却将地球从可怕的危机中拯救出来……这一次，KERORO军曹的面前出现了最新！最恶！最强的敌人！！ 故事讲述冬树与KERORO小队一起去印加帝国的马丘比丘足迹参观，喜欢神秘事物的冬树当然是大为高兴，可是KERORO的脑袋里面装满了要侵略地球的事情。他们在那里因为迷路而发现了遗迹，后来因为突发状况而不得不从那里逃出。但在那时，冬树一瞬间看见了一位伫立在迷途中的少女。抱着对少女的不解之迷，冬树与KERORO回到了东京。不过这时，最强的敌人出现在了他们面前。样子和KERORO一模一样，但与KERORO不同天空対決戦ｔテンクウたい的是，他是要迅速且透彻地策划侵略地球的黑暗KERORO。他带领着部下CIBABA、DORURU、MIRURU一起在世界各国开始了侵略行动。而迎击这一切的KERORO小队的命运是？……
正当Keroro小队们向着第四年TV动画进发时，其第二部剧场版《超剧场版Keroro军曹2 深海的公主、是也！》即将于3月17日开始在日本上映。继宣扬“友情”最高的第一弹剧场版结束之后，此次剧场版将大力宏扬伟大的家族之爱。 终于水之惑星马隆星开始了对地球的侵略。马隆星的末裔Meru王子和他的随从Maru，常年2个人生活的他们决定寻重建他们的世界，于是他们开始寻找公主的候补人选。而被选中的竟然是Keroro小的队所居住的日向家的长女，日向夏美！Keroro一行开始向着深海所在的秘密王国出发，解救被掳走的夏美。
被人称为最后的名侦探结城新十郎，与他的拍档因果，组成了要解明这世上之谜及真实的侦探二人组合。在面对常理不能解释的谜题或案件时，凭着新十郎的推理及因果的协力，这些难题往往也会迎刃而解。但是，当新十郎对案件越发思考之时，他便发现某些地方的不对劲，并随着他的深入了解，他和因果更渐渐与某件大事件扯上关系。
未来几十年内，人类探索利用太空的程度不断加深。2040年，利用空间扭曲技术深入宇宙的“新领域号”消失于海王星附近。 2047年，新领域号突然在海王星发回讯号，内容似乎为求救，于是当年设计新领域号的威尔博士（Sam Neill 饰）受命乘坐营救船“路易与克拉克”号前去施救。船长米勒（Laurence Fishburnes 饰）不甚友好，所幸路易与克拉克号很快按计划与新领域号对接。虽然生命扫描显示新领域号充满生命迹象，但搜寻之后营救队发现所有船员均死亡或消失，新领域号内制造黑洞的核心动力部分产生的震荡破坏了路易与克拉克号的外壳，营救队被迫暂时停留。 新领域号残留的影像记录将当时血腥的一幕呈现给所有人，同时营救队员们被幻象所困——他们分别看到了自己心中无法释怀的伤痛。队员们陷入了崩溃的边缘。然而更令人惊异的是，新领域号似乎具有了生命。威尔博士相信新领域号的...
