该剧以发明创造为主线，描写嘟嘟宝星球上的两位主要人物：发明狂卡卡嘟和他的随从波波嘟。卡卡嘟会发明任何特别神奇、充满智慧和想象力的东西，但这个东西一旦到了波波嘟手里，总会产生意想不到 的效果，反而让发明者卡卡嘟处境尴尬或狼狈。波波嘟看起来傻乎乎的，但其实他常常是大智若愚的；而卡卡嘟看起来极其聪明，但其实常常又是漏洞百出、弄巧成 拙的。这两个人物本身就是一对矛盾，使故事充满了诙谐和幽默，极富逻辑性和想象力，给人以启迪。
继萌宝战警第二季之后，宇宙邪恶势力世星大帝以及余党铁算盘、塔库玛司令之类再次受到挫败，萌宝战警拯救了地球上的恐龙等古生物，这些活化石见证了整个地球的繁衍盛衰，同时也回归到了适合的生存环境，它们将于人类和谐共处。
萌宝战警经历万难终于在第三季结尾得到了“生命能源”后，却在最后一次穿越返家回程中，被世星大帝篡改了时空之门，萌宝战警和铁算盘一同被传送到了距离地球1500光年的虫族霸格星，这是一颗和世星同处泰比星系的星球，被噬星大帝垂涎已久。而铁算盘成功的改进并控制了蚁族的进化系统，这迫使铁算盘和掌握开启虫洞“钥匙”的世星大帝继续合作。
文久三年。倒幕派击败了佐幕派，刀剑的时代宣告结束―――幕末时代。作为刀剑男士的堀川国广和曾经一同被主人用作战斗武器的和泉守兼定，奔跑在雨中的山路。刀剑男士在审神者的激励下，开启了付丧神的道路。他们的使命是将企图改变历史的时间溯行军打倒，以守护“正确的历史”。与陆奥守吉行、药研藤四郎、蜻蛉切、鹤丸国永这些新的伙伴一起，在动荡的时代投身到与时间溯行军的战斗中。刀刃挥舞，刀光剑影。刀剑男士、即刻出阵
啊呀呀骷髅大侠来啦！
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